Lo de los mensajes directos es limitación de Twitter con el stream, es decir la fuente de donde las apps de terceros consiguen los tuits, mensajes directos, elementos de una tendencia y demás.
Y esto va a pasarte con cualquier cliente que no sea de Twitter.
Con TWBlue puedes presionar el comando que tengas asignado para tratar de recuperar elementos de un bufer, que suele ser Control, o alt, Windows, retroceso de página.
Esto en el bufer de mensajes directos. Recuperará por lo general 25 elementos de los mensajes recibidos, y 25 de los enviados.
Y así cuantas veces le des. Aunque probablemente después de un tiempo o te recuperará mensajes repetidos (limitaciones de Twitter), o simplemente no te recuperará nada.
Sobre los hilos, la mejor forma de ver un hilo completo sí, como dice Rand, es ir a la línea temporal de la persona, buscar el último tuit donde termina el hilo y presionar Alt (o Control), Windows, C.
Ahí se te abrirá un bufer temporal con los tuits que conforman ese hilo, con algunas respuestas incluidas. Basta ir al principio de él para leer desde el primer tuit.
También, si alguien lo cita, puedes abrirlo desde Twitter e ir leyendo los tuits ordenados cronológicamente en la web, más fácil.
Para hacer un hilo en TWBlue basta con escribir un tuit, encontrarlo, presionar el comando que usas para responder y escribir el siguiente tuit. Si quieres añadir un tercer elemento lo haces sobre tu segundo tuit, si quieres añadir un cuarto lo haces sobre el tercero, y así hasta que termines. No aparecerá como si te estuvieras respondiendo a ti, sino que aparecerá como un tuit independiente pero si presionas Alt (o control), Windows C, se mostrarán cronológicamente tal y como los pusiste formando el hilo.
¡Saludos!